Esta iglesia está ubicada en el paseo Eduardo Dato, entonces Paseo del Cisne, fue construida entre 1886 y 1890 bajo la dirección del arquitecto Eugenio Jiménez Corera, a instancias de la Real Congregación de San Fermín de los Navarros.
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Los orígenes de esta institución se remontan a 1684, sobre el que fue jardín del palacio del conde de Monterrey, en el Prado de San Jerónimo. No obstante, no fue hasta 1746 cundo se construyó su iglesia.
Tanto la iglesia como el hospital fueron derribados en 1882 con motivo de las obras de construcción del Banco de España, y fue entonces cuando la Congregación decidió labrar una nueva casa sobre unos terrenos en el Paseo del Cisne que pertenecían a la infanta doña Isabel de Borbón, hija de Isabel II y popularmente conocida como la «Chata».
Las obras de la nueva iglesia comenzaron en 1886 bajo la dirección del arquitecto Carlos Velasco, aunque al poco tiempo, y debido a su muerte, fue sustituido por Eugenio Jiménez Corera, que fue quien culminó el proyecto en 1890.